หลังจากที่ CIA ล้มเหลวในการโค่นล้มประธานาธิบดีซัลวาดอร์ อัลเยนเด้ ทั้งในแผน Track I และ Track II ประธานาธิบดีนิกสันของสหรัฐอเมริกาและนายคิสซิงเจอร์ได้ประชุมกับ CIA เพื่อหาทางโค่นล้มอำนาจของประธานาธิบดีซัลวาดอร์ อัลเยนเด้ โดยได้ข้อสรุปว่าจำเป็นต้องมีรัฐประหารเกิดขึ้นในประเทศชิลี เพื่อรักษาผลประโยชน์ทางธุรกิจของสหรัฐอเมริกาและสกัดกั้นการขยายตัวของแนวคิดสังคมนิยม ในที่สุดจึงมีการเลือกนายพลปิโนเชต์เป็นหัวหน้าคณะรัฐประหาร รัฐบาลสหรัฐอเมริกาสนับสนุนทางด้านอาวุธ การข่าว รวมไปถึงงบประมาณสำหรับรัฐประหารครั้งนี้

รัฐประหารเริ่มต้นขึ้นในวันที่ 11 กันยายน 1973 โดยกองทัพชิลีภายใต้การนำของนายพลปิโนเชต์ยกกองกำลังเข้าถล่มทำเนียบประธานาธิบดี จนกระทั่งในที่สุดกองทัพของชิลีภายใต้การสนับสนุนของสหรัฐอเมริกาได้รับชัยชนะ ประธานาธิบดีอัลเยนเดกระทำอัตวินิบาตกรรม และการปกครองภายใต้ระบบทหารก็ได้เริ่มขึ้นในชิลี พร้อมไปกับการสิ้นสุดระบอบประชาธิปไตยของประเทศชิลี ทั้งหมดนี้ล้วนสร้างความมั่นใจให้กับสหรัฐอเมริกาว่ารัฐบาลที่มีแนวความคิดแบบมาร์กซิสจะไม่มีโอกาสเข้ามาปกครองประเทศชิลีอีกจากปฏิบัติการในครั้งนี้[8]

หลังจากกองทัพชิลีได้รับชัยชนะแล้ว สหรัฐอเมริกาสนับสนุนงบประมาณมหาศาล พร้อมกับความช่วยเหลือต่างๆแก่รัฐบาลใหม่ที่เป็นรัฐบาลเผด็จการทหาร พร้อมกันนั้นก็ปฏิเสธที่จะรับรู้ว่ามีการละเมิดสิทธิมนุษยชนเกิดขึ้นในประเทศชิลีจากการที่นายพลปิโนเชต์ตั้งองค์กรตำรวจลับขึ้นเพื่อสอบสวนประชาชนในประเทศ อย่างไรก็ตามนายพลปิโนเชต์สามารถครองอำนาจในประเทศชิลีได้อย่างยาวนาน จนกระทั่งถึงปี 1990 และเป็นปีเดียวกันกับที่ประชาธิปไตยของชิลีกลับมาสู่ประเทศชิลีอีกครั้งหนึ่ง